合作協議是雙方當事人之間就特定事項達成的一種合意，其目的在于確立甲方和乙方之間的權利和義務，以規范雙方的關系。在合作協議中，甲方和乙方的關系是通過協議中規定的條款來確定的。

1、合作協議中需要明確雙方的身份和角色定位

甲方和乙方在合作協議中應當被清晰地定義，以表明雙方的身份和地位。甲方通常是提供特定資源、服務或者資金支持的一方，而乙方通常是受益方或者承擔特定責任的一方。

2、合作協議中需要明確雙方的權利和義務

根據合作協議的具體內容，甲方和乙方之間的關系將根據雙方在協議中所承擔的權利和義務來確定。甲方和乙方在合作協議中可以約定相互之間的權利和義務，包括但不限于責任承擔、利益分享、合作方式、合作期限等。

3、合作協議中需要明確雙方的責任和義務

甲方和乙方在合作協議中應當明確各自的責任和義務，規定雙方在合作中應當遵守的行為規范和標準。這些責任和義務將幫助雙方建立起一種相互信任并能夠有效地履行合作協議。

合作協議中需要明確雙方的爭議解決機制。在合作關系中難免會出現一些分歧和爭議，因此在合作協議中需要明確雙方在出現爭議時可以采取的解決方式，比如協商、調解、仲裁或訴訟等。

總體合作協議是確立甲方和乙方關系的重要文件，其目的在于明確雙方在合作中的權利和義務，以及義務的履行、責任承擔和爭議解決方式。只有合作協議中的條款清晰明確，雙方才能夠清楚地了解自己的地位和權利，從而建立穩固的合作關系。